Управление учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации с учётом особенностей, установленных Федеральным законом от 29.12.2012 г. №273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации» и Уставом МБОУ гимназии № 44. Управление учреждением осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Структура управления в гимназии выстроена в логике матричной модели, которая предполагает наличие как вертикальных, так и широкую сеть горизонтальных структур управления.
Горизонтальную структуру гимназии составляют следующие подразделения:
Подразделение (отдел) начального общего образования включает учителей начальных классов и учителей предметников, каждый из которых входит в соответствующее методическое объединение. Руководство осуществляет заместитель директора по УВР Комолова Светлана Юрьевна (корпус №1), заместитель директора по УВР Романова Анна Евгеньевна (корпус №4) .
Подразделение (отдел) основного общего образования включает учителей-предметников, каждый из которых входит в соответствующее методическое объединение. Руководство осуществляют заместитель директора по УВР Шерстнова Ольга Владимировна (корпус №1).
Подразделение (отдел) среднего общего образования включает учителей-предметников, каждый из которых входит в соответствующее методическое объединение. Руководство осуществляют заместитель директора по УВР Данилова Вера Юрьевна (корпус №1).
Подразделение Школы искусств включает преподавателей, концертмейстеров, каждый из которых входит в МО преподавателей Школы искусств. Непосредственное руководство осуществляет заместитель директора по УВР (руководитель структурного подразделения) Сметанин Алексей Александрович (корпус №2).
Служба обеспечения (АХЧ) занимается административно-хозяйственными вопросами, организует работу технического, обслуживающего персонала, охраны, готовит конкурсную документацию для проведения аукционов, котировок и т.д. Возглавляет службу заместитель директора по АХР Бардюков Евгений Сергеевич.
Бухгалтерская служба. Бухгалтерский учёт осуществляет Централизованная бухгалтерия №4. Руководство деятельностью бухгалтерии осуществляет главный бухгалтер МКУ ЦП №4 Рачук Людмила Николаевна.
Психологическая служба. Психолог Гречина Ольга Ильинична осуществляет психологическое сопровождение участников образовательных отношений в соответствии с образовательной программой гимназии (корпус №2), Пирогов Роман Александрович осуществляет психологическое сопровождение участников образовательных отношений в соответствии с образовательной программой гимназии в корпусе №4.
Библиотека. Библиотекарь Иванова Елена Анатольевна обеспечивает работникам и учащимся гимназии бесплатный библиотечно-информационного доступа к ресурсам, представленным на разных носителях (корпус №2).
Медицинская служба – осуществляет свою деятельность на основании лицензии и договора, заключенного между гимназией и ОБУЗ Городская клиническая больница №3. Оперативное руководство осуществляет врач, а кураторство осуществляет заместитель директора по УВР Куличкова Дарья Алексеевна (корпус №1).
Столовая – осуществляет свою деятельность на основании лицензии и договора, заключенного между гимназией и МП столовая «Школьная № 33». Оперативное руководство осуществляет зав. производством Титова Наталья Петровна, а кураторство осуществляет заместитель директора по УВР (ответственный за организацию питания) Круглова Вера Николаевна (корпус №1).